Posso utilizar números de WhatsApp ou telefone diferentes para cada Serviço/Setor?

Sim. Cada Serviço (setor) é considerado um container diferente, de forma que é possível utilizar números de WhatsApp, telefonia ou outras mídias distintas.

Na tela de configuração de canais é possível associar o serviço especifico de determinada mídia: https://code7.mozaik.cloud/app/canais